Le roman s'ouvre sur la famille dans la cale d'un voilier, affrontant une grande tempête. L'équipage du navire évacue sans eux, et William et Elizabeth et leurs quatre enfants (Fritz, Ernest, Jack et Franz) doivent survivre seuls. Alors que le navire tangue, le père – William – prie pour que Dieu les épargne.

Le navire survit à la nuit et la famille se retrouve en vue d'un tropical île déserte. Le lendemain matin, ils décident de se rendre sur l'île qu'ils aperçoivent au-delà du récif. Avec beaucoup d'efforts, ils construisent un vaisseau à partir de cuves. Après avoir rempli les bacs de nourriture et de munitions et de tous les autres objets de valeur qu'ils peuvent transporter en toute sécurité, ils rament vers l'île. Deux chiens du navire nommés Turk et Juno nagent à côté d'eux. La cargaison de bétail du navire (dont une vache, un âne, deux chèvres, six moutons, un bélier, un cochon, des poulets, des canards, des oies et des pigeons), des fusils et de la poudre, des outils de menuiserie, des livres, un démonté_cc781905-5cde-3194 -bb3b-136bad5cf58d_chaloupe et les provisions ont survécu.

En arrivant sur l'île, la famille a installé un camp de fortune. William sait qu'ils doivent se préparer longuement sur l'île et ses pensées vont autant aux provisions pour l'avenir qu'à leurs besoins immédiats. William et son fils aîné Fritz passent le lendemain à explorer l'île.

La famille passe les jours suivants à se protéger contre la faim. William et Fritz font plusieurs voyages vers le navire dans leurs efforts pour ramener à terre tout ce qui est utile du navire. Les animaux domestiques du navire sont remorqués jusqu'à l'île. Il y a aussi un grand magasin d'armes à feu et de munitions, des hamacs pour dormir, des outils de menuisier, du bois, des ustensiles de cuisine, de l'argenterie et de la vaisselle. Au départ, ils construisent une cabane dans les arbres, mais au fil du temps (et après qu'Elizabeth se soit blessée en montant les escaliers qui en descendent), ils s'installent dans une habitation plus permanente dans une partie d'une grotte. Fritz sauve une jeune Anglaise (Jenny Montrose) qui a fait naufrage ailleurs sur leur île.

Le livre couvre plus de dix ans. William et les garçons plus âgés explorent divers environnements et développent des maisons et des jardins dans divers sites de l'île. À la fin, le père se demande s'ils reverront un jour le reste de l'humanité. Finalement, un navire britannique à la recherche de Jenny Montrose jette l'ancre près de l'île et est découvert par la famille. Le capitaine reçoit le journal contenant l'histoire de leur vie sur l'île qui est finalement publiée. Plusieurs membres de la famille choisissent de continuer à vivre tranquillement sur leur île tandis que plusieurs d'entre eux retournent en Europe avec les Britanniques.